Beacon Designer是一款专为生物试验领域设计的专用工具,它融合了有机化学的公式计算应用,可以在分析生物数据信息的同时导入有机化学公式进行标注。另外软件还能将分析的生物数据转换为遗传基因实体模型,方便用户进行查询。
软件功能
SYBR® Green 实验设计: Beacon Designer能够设计SYBR® Green PCR引物,并协助您开展流板引物评定。您可以根据需要独立设置设计参数,或选择由权威专家科学研究和沟通交流后获得的初始值。另外您还可以根据独特的试验需要自行设定初始值。Beacon Designer还支持在目的基因的任意部位中定位引物,并支持跨内显子-内显子或外显子-外显子设计引物,这对于选择性从gDNA中增加获得cDNA非常有帮助。
HRMA 实验设计: Beacon Designer提供了一种检验突变的高效方式。相较于以探针为基础的基因型分析,HRMA更经济实惠。此软件应用一种独有的专利优化算法,可以设计出检验突变的最佳引物。HRMA引物被设计将感兴趣的突变设计于最少的扩增子,可以检验到解链温度转变。引物避免了模板的二级结构,确保了合理的引物扩增。HRMA引物能够在NCBI上核对多肽链信息来检验非特异,除此之外,预引物和已经发布的引物一样可以用于检验。
双标记探针设计: Beacon Designer目前支持根据四种探针的化学变化:TaqMan探针。Beacon Designer可以帮助您研究不同基因的表达以及单多肽链多态性。您可以选择LNA取代TaqMan探针,它比TaqMan探针更为稳定。Beacon Designer还可以帮助您设计甲基化的TaqMan探针。MethyLight是一个高通量测序的分析,用于区分甲基化和非甲基化的DNA。根据Beacon Designer,可以根据设置甲基化和非甲基化链,以及未处理DNA序列的寡核苷酸来适当地控制引物和探针的设计。您可以使用这些化合物评定预设计/发布的引物或TaqMan探针。设计完成后系统会根据不同的寡核苷酸特性将设计的結果按特性排列并得出一个结果目录。
分子信标设计或评估: Beacon Designer支持分子信标设计或用于NASBA分析的分子信标。NASBA是一个依赖引物的技术,用于单一化合物在一个温度下的持续增加。您可以根据需要设计单一温度或多反应的分子信标。
Scorpions设计: Beacon Designer支持Scorpions引物和探针的设计。Scorpions分析不依赖于探针的酶促反应袋。引物和探针在反应过程中紧密偶联反应。
FRET探针再设计和评估: Beacon Designer可以对以前设计的FRET探针进行再设计和评估。在Beacon Designer中,FRET探针能与SYBR® Green偶联反应在一起。
多种实时PCR分析应用: Beacon Designer可以根据多种实时PCR分析设计TaqMan探针,可高达5条包括参照基因选择的编码序列。
软件亮点
引物分析功能: Beacon Designer最新版本提供了多种引物分析功能,可以在生物编码序列上进行大量的基因分析。
基因变异编码序列加载: 适用于应用基因变异的编码序列加载到试验上进行分析。
DNA引物分析: 适用于应用DNA引物分析查询试验数据的转变。
数据拓展: 适用于在生物分析上拓展数据的转变以及外界分子结构。
基因编码序列分析: 适用于创建多种基因的编码序列分析。
碳水化合物科学研究数据检测: 适用于检测碳水化合物的科学研究数据。
生物编码序列分析: 适用于在分析生物编码序列的情况下得到更强的指标值。
单多肽链形成图型显示: 适用于将检测的单多肽链形成图型显示。
生物链制作以及基因模型设计: 适用于生物链的制作以及基因模型设计。
如何使用
打开Beacon Designer软件。
根据您的实验需求选择相应的功能模块。
输入所需的参数和设置。
点击“设计”或“评估”按钮,软件会自动进行引物设计或评估。
查看设计或评估结果,并根据需要调整参数和设置。
导出设计或评估结果,用于后续实验。
Beacon Designer是一款功能强大的生物试验设计工具,可以帮助您高效地进行引物设计和评估,从而提高实验的准确性和可靠性。